网站的物理结构不应十分复杂，层次也不应太多，应该根据网站文件的功能、地位和大致的逻辑结构来建立树状的目录结构。例如主页的HTML文件一般直接放于服务器虚拟路径的根上，与之相关联的资源(如图片、声音等)作为一个~级目录，其他的一级页面构成一个一级目录，而在一级页面的目录里又有与之相关的资源和上级页面构成二.级目录，类似地再往下分为三级目录等。
设计网站物理结构时，应注意:
①不要将所有文件都存放在根目录下。
a.文件管理混乱。你常常搞不清哪些文件需要编辑和更新，哪些无用的文件可以删除，哪些是相关联的文件。
b.上传速度慢。服务器一般都会为根目录建立一个文件索引。当你将所有文件都放在根目录下，那么即使你只上传更新一个文件，服务器也需要将所有文件再检索遍，建立新的索引文件。很明显，文件量越大，等待的时间也将越长。
②按栏目内容建立子目录。
③所有程序一般都存放在特定目录。
④所有需要下载的内容也最好放在一个目录下。
⑤在每个主目录下建立独立的images目录。
⑥目录的层次不要太深。目录的层次建议不要超过3层。
⑦全局的资源应该放在根目录下的Global目录中。
⑧根据栏目规划和功能来设计目录结构。
⑨每个目录下都建立独立的images子目录。
目录的层次不宜太多。
①最好不要使用中文目录名。
②将可执行文件与不可执行文件分开放置。
③网站建设数据库文件单独放置。
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