随着农业科研院所的体制改革以及信息化进程的不断深入, 农业科研院所网站信息化管理也显现出新的问题，主要体现在信息系统使用率低、信息资源缺乏有效管理、安全保障低等方面。

民族地区经济落后, 人们思想观念落后等原因, 造成了政府在网站建设的时候, 由于资金、人才、技术的有限以及为了完成国家关于政府网站建设的目标, 造成了政府在政府门户网站建设时缺乏创新。

面对错综复杂的网络环境, 没有一个网站敢宣称自己是绝对安全的, 即使没有黑客的非法入侵及篡改, 还可能发生硬件损坏问题以及人为误操作等多种无法掌控和预测的问题。

网站的内容是网站的根本, 如果内容匮乏、空洞, 页面制作再精美, 也无法吸引浏览者。在数据更新极为迅速的今天, 保证企业网站内容的及时更新, 才能让网站真正成为企业发布信息、与客户沟通交流的窗口。

当前, 我国的档案网站基本都是自主建设, 由于缺少网页设计等方面的专业人才, 导致网站制作水平较低。

增加导航式链接, 摒弃传统网站首页仅放置当期文章题目的形式, 将网站内容设置为各类子栏目加以管理。增加文章导读, 挑选重点推荐的文章放置在首页醒目位置, 撰写导读以吸引读者眼球。使用图文结合的方式将内容更加生动直观地展现出来。

根据当前我国农业信息网站的发展状况来看, 农业资源的分类比较多, 因此, 如果没有一个统一的标准和规范, 那么就很难对网站的信息进行有效地管理, 严重的情况下, 还会出现无法与其他资源进行网络共享的情况, 致使农业信息网站的使用率逐渐降低。

规范的机构建设是保障政府网站建设、运行的重要保障, 而拥有完善的组织机构更是政府网站建设的核心。然而, 到目前为止, 我国现存的各级政府网站还缺乏专门的管理机构各、没有明确的工作部门、机构职能界定不清、缺乏部门间协作机制等突出问题。

科学的网站定位是建设网站的第一步, 在调查分析的基础上确定自己网站的服务对象和服务内容是网站建设和发展的前提。高校的教育目标就是要培养一批政治合格、业务过硬的社会主义事业的建设者和接班人, 而学生的世界观、人生观和价值观是否正确、积极向上, 是其能否成才的关键所在。

网站导航要清晰简捷,容易查找,所有的超链接应清晰无误地向读者标识出来,所有导航性质的设置,像图像按钮等都要有清晰的标识,让人看得明白,千万别只顾视觉效果的热闹,而让人家不知东西南北。